被列为中国农 科院 现代院所改革的试验田，。

2019年、2020年连续两年自然指数排名全国农业类科研院所第一名，imToken官网，多项成果入选十三五农业科技十大标志性成果中国生命科学十大进展中国农业科学十大进展，先后获得何梁何利基金奖、周光召基础科学奖深圳经济特区建立40周年创新创业和先进模范人物深圳市市长奖等奖励， 成立以来，农业基因组学等研究领域占据世界前沿，基因组所深入开展科研自主权改革试点工作。

建设了由中国农 科院 与深圳市主管领导任共同理事长的理事会；组建了近800人的研究队伍；形成了以组学技术为核心、辐射农业、食品和生态方向的学科体系，以基因组设计育种育成国审、省审新品种30余个，imToken， ，获批岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心农业农村部农业基因数据分析重点实验室等创新载体；在包括 Science、Nature、Cell 等顶级期刊在内的杂志上发表SCI论文400多篇。